Die Schweizer Luftwaffe erprobte 1939 zwei in Frankreich Erworbene MS-406. Die guten Resultate führten zum Bau einer Null-Serie von 8 Exemplaren für die Truppen- Erprobung. Bis Herbst 1940 wurden dann 72 D-3800 abgeliefert, die noch mit 860 PS Hispano Suiza Motoren ausgerüstet waren. Es folgte der Lizenzbau der D-3801, die mit 289 Stück zum grössten Beschaffungsprogramm der Schweizer Luftwaffe gehörte. Sie wies verschiedene Verbesserungen auf, wie z.B. der stärkere HS 51 12Y Motor Mit 1000 PS, sowie der fest eingebauten Kühler. Das Flugzeug wurde als Mehrzweckkampflugzeug eingesetzt und war mit Kanonen, Fl-Mg, Bomben und Raketen bewaffnet

Die Morane bildete zusammen mit der Me-109 insbesondere während der Aktivdienstzeit das Rückrat der Jagdstaffeln. Sie wurden in Luftkämpfe mit der Deutschen Luftwaffe verwickelt oder dienten als Leit-Flugzeuge für allierte Bomber, welche illegal in die Schweiz einflogen. Die Morane diente nach ihrem Einsatz bei den Frontstaffeln bis 1959 bei den Fliegerschulen.